白莲教“政体尚****”，始终实行严格的家长制统治，等级森严。由于其本身又分成许多别支，故派系的教首只掌握本派的大权，采取父死子袭的权力继承方式。不容外人觊觎。他们的权力和地位，归根到底取决于所收门徒的多寡，以纠合人数多者称为大头目，人数少者为小头目。教首的弟子们，随着本身力量即所收教徒人数的不断增长，独立倾向也在逐步加强，如果条件成熟，最后也会走上独树一帜的道路。
白莲教传教的方法是：传教者“或充医卜，或充贸易，遍历各村，亲去传徒”，在穷苦的下层群众中招收信徒，并将其组织起来。
白莲教教徒在日常只是烧香礼拜，讽诵或由教首讲解经卷、咒语、口诀、歌词（除教外，突出敬孝行善、三皈五戒等），以虔修来世，并达到求福避祸的目的。“习教的人各出银两，交与掌柜的收下”，称为“根基钱”。钱数不等，少则一、二百文，多则几十两、上百两。各地的小教首每年或几年向本派教主输钱，曰“朝贡”。如乾隆五十五年至五十七年，白莲教首刘之协、宋之清等人就将所收教徒的部分打丹（将姓名、籍贯写于黄纸，向空焚化，名为打丹，又名升丹）银二千两陆续送交被发配到甘肃隆德县的师傅刘松手中。
白莲教徒从明万历到清康熙时百余年间，刊刻了许许多多的经卷。几乎所有的白莲教经卷，都宣传“两宗三际”、弥勒下凡和劫变观念，宣传“真空家乡，无生父母”的信仰。据白莲教的解释，世界上存在着两种叫做明暗“两宗”相互斗争的势力，明就是光明，代表善良和真理；暗就是黑暗，代表罪恶与不合理。这两方面，过去、现在和将来都在不断地进行斗争。弥勒佛降世后，光明就最终战胜黑暗。这就是所谓“青阳”、“弘（红）阳”、“白阳”的“三际”。
清乾隆年间，白莲教支派林立。混元教和收元教是其中重要的两支。
乾隆三十九年（1774）初，河南鹿邑人樊明德在家乡创立混元教，并将其迅速传播到河南归德、陈州、汝宁和安徽颖州等府。第二年便遭到清政府严厉镇压，樊明德等十三人被判处死刑，他的再传弟子刘松被发配到甘肃隆德县，混元教处于瘫痪状态。
乾隆五十三年（1788）三月，混元教徒、安徽太和县人刘之协“来至刘松配所探望，与刘松商复旧教，并以混元教破案已久，人多不信，必须另立教名。随商同刘松，改为三阳教……欲觅一人捏名牛八，凑成朱字，伪称明朝嫡派，将来必然大贵。又指刘松之子刘四儿为弥勒佛转世，保辅牛八，入其教者可免一切水火刀兵灾厄。并推称刘松为老教主”。
乾隆末年，收元教在鄂西北地区进行活动，主要分为襄阳宋之清和房县王应琥两支。
湖北襄阳人宋之清是收元教支派三益教创立者姚应彩的再传弟子。他本人亦收襄阳总差役齐林等人为徒。乾隆五十四年（1789），他又拜刘之协为师。三年后，宋之清因传徒日多，与刘之协发生了争教事件，遂自立一教，名为西天大乘教。从此，他“自行兴教，捏称弥勒转世，必须学习西天大乘教，躲避灾难”并将其活动的重点放在阶级关系紧张的川楚陕三省交界地区，让弟子们广收徒众，扩大组织。与此同时，王应琥也在湖北、四川交界地区大力发展组织。以宋之清为首的收元教，为把农民群众从宗教信仰的迷雾中吸引到自身的解放上来，宣传“习教者，有患相救，有难相死，不持一钱可周行天下”，“从教者先送供给米若干，入教之后，教中所获资物，悉以均分”，“习教之人，不携资粮，穿衣吃饭不分尔我”等等，以及随后逐步散播的“弥勒转世，保辅牛八”这一披着宗教外衣的政治性预言，深深地吸引着广大群众，扩展组织的工作进行得十分顺利。其弟子中，湖北襄阳总差役齐林，对收元教的发展，作出了重大贡献，后来的襄阳黄号，以及四川起义军大部分领袖，如姚之富、樊人杰、王光祖，冉文俦、孙赐俸、徐天德、冷天禄、王三槐等等，都是齐林的弟子或再传三传弟子。齐林势力和影响已超过宋之清，川楚院起义基本上是由齐林系统的教徒发动和领导的。
